在黎明叛乱之后，夏尔前往地球并遇到了一个名叫拉拉苏妮的拥有神秘力量的女孩。与此同时，阿姆罗的父亲 Tem Ray 正在从事 RX-78 开发项目。得知吉翁机动战士开发的核心人物米诺夫斯基博士的叛逃后，他前往月球。历史上第一场机动战士之间的战斗在月球表面的暮光地带展开。接下来是宇宙世纪0079，距离地球最远的宇宙都市SIDE 3以吉翁公国的名义对地球联邦政府发动了独立战争。一个暴力动荡的时代开始了，其中一半的人口将被杀害......